Pengawasan Kawasan Konservasi Perairan Nusa Penida secara rutin dilakukan setiap bulannya namun akibat pandemic Covid-19 pengawasan di bulan April – Juni tidak terlaksana. Pada tanggal 30 Juli 2020 UPTD. Kawasan Konservasi Perairan Bali berkolaborasi dengan Coral Triangle Center (CTC) kembali melaksanakan kegiatan Pengawasan Kawasan Konservasi Perairan Nusa Penida. Pengawasan ini bertujuan untuk mencegah adanya pelanggaran di Kawasan Konservasi Perairan Nusa Penida dan sebagai upaya dalam sosialisasi Kawasan Konservasi Perairan Nusa Penida. Kegiatan ini dipimpin oleh I Nyoman Karyawan selaku koordinator Kawasan Konservasi Perairan Nusa Penida mewakili Kepala UPTD. KKP Bali serta dihadiri juga oleh TNI AL pos Nusa Penida.
Rute pengawasan pada kegiatan ini adalah kawasan perairan Buyuk, Ped, Toyapakeh, Tanjung Samuh, Gamat Bay, Crystal Bay dan Manta Bay lalu berlanjut ke Ceningan, Mangrove Point, Lembongan, dan berbalik kembali ke Sampalan. Pada perairan kawasan Timur dan sebagian Selatan tidak dapat dilakukan pengawasan karena kondisi perairan laut yang tidak memungkinkan untuk dilewati / gelombang besar.
Dalam pengawasan ini tidak ditemukan pelanggaran zonasi maupun pelanggaran penangkapan ikan di Kawasan Konservasi Perairan Nusa Penida. Kegiatan memancing dan wisata merupakan kegiatan yang dijumpai di Kawasan Konservasi ini. Memancing dari tebing pantai merupakan kegiatan penangkapan ikan yang paling banyak ditemukan berjumlah 15 orang. Sedangkan wisatawan yang menikmati keindahan kawasan konservasi perairan berjumlah 59 orang dengan armada wisata sebanyak 11 unit. Terjadi penurunan jumlah wisatawan yang drastis sebagai akibat dari pandemic Covid-19 mulai dari awal Bulan Maret 2020. Dibandingkan dengan pada awal terjadinya pandemic di bulan Maret 2020 jumlah wisatawan mencapai 256 wisatawan dengan jumlah armada wisata 34 unit. (sry).
