UPTD Kawasan Konservasi Perairan Bali mempunyai tugas:
Melaksanakan kegiatan teknis penunjang serta urusan pemerintah Bidang Kelautan dan Perikanan yang bersifat pelaksanaan dari Dinas dalam rangka pengelolaan Kawasan Konservasi Perairan di wilayah Provinsi Bali.
Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud, UPTD Kawasan Konservasi Perairan Bali memiliki fungsi:
- Melaksanakan identifikasi potensi Kawasan konservasi perairan;
- Melaksanakan rehabilitasi dan konservasi Kawasan yang mengalami kerusakan; dan
- Melaksanakan pengawasan dan monitoring sumberdaya pada kawasan konservasi perairan.